La cuenca se define como cerrada o endorreica, toda el agua que se capta y escurre en las montañas se acumula e infiltra en las partes bajas a través de los humedales y los sumideros de roca calcárea, lo que explica, por un lado las históricas inundaciones de San Cristóbal de Las Casas y por otro, la importancia estratégica tanto de los ecosistemas boscosos en las partes altas como de los humedales de montaña en las zonas bajas.